Helenistik dönemde, Amasya’yı İÖ.333 den İÖ.26 ya kadar başkent olarak kullanan Pontus Krallarına ait olan Kral kaya Mezarları, Harşena Dağının güney eteklerine, kalker kayalara oyularak yapılmıştır. Hatuniye Mahallesinin dar sokaklarından ve tren yolunu geçerek çıkılan mezarların arasında, kayaya oyulmuş yollar ve merdivenler bulunmaktadır. Yeşilırmak Vadisi boyunca, irili ufaklı 21 mezar olduğu bilinmekle birlikte bunlardan sadece birkaç tanesi günümüze gelebilmiştir. Kaya Mezarlarının içlerinden çok, arkalarına oyulmuş geçitler dikkat çekicidir. Bu bölgedeki büyük mezarlardan birinin yanında, nehre kadar uzandığına inanılan bir tünelin başlangıcı bulunmaktadır. Kalker kayalara oyularak yapılan bu mezarlar yapı ve büyüklükleri itibarıyla kente hakim bir noktadadırlar.

Kral Kaya Mezarlarının en büyüğü, galeri ve merdivenlerle çıkılan, batı yönündeki en son mezardır. Bu mağaranın yüksekliği 15m, genişliği 8m, derinliği ise 6m dir. Mezar odasına girişi, diğer mezarlardaki kapılardan daha yüksektir. "Büyük Kral Mezarı" olarak da adlandırılan mağara, cephe itibariyle pek çok tahribata uğramıştır.

Kızlar Sarayı üzerinde yer alan üçlü kral mezarı birbirine çok yakın oyulmuştur. En solda yer alan mezar, ortadaki mezar sahibini gölgede bırakmak amacıyla ön plana çıkarılmıştır. Kızlar Sarayının alt kısmında ve Demiryolu tünelinin hemen üzerinde bulunan mezar da, diğerleri gibi, blok kaya oyularak yapılmıştır. Diğer kaya mezarlarından farklı olarak, etrafı oyulmamıştır. Ayrıca mezar odasına çıkmayı kolaylaştıracak taş merdivenler de yapılmamıştır. Mezar odasının sağ ve sol kenarlarında yapılan sütunlar daha sonra kırılmıştır. Mağaraların bütününde görülen kapaksız, 2-3 metre arasında değişen yükseklikte, kapıya benzeyen girişler, bu mağaraların ortak özelliğidir. Mağaraların etrafı geniş biçimde boş bırakılmasının amacı da, bazı mezarların tavaf edilmesi, bazılarında da kayalardan sızan suların hava ile temasını ve mezar odasının korunmasını sağlamaktır.

Kral Kaya Mezarları bazı dönemlerde hapishane ve cezalandırma mekanı olarak da kullanılmışlardı. Örneğin VI. Mithridates, kendisi ile yapılan barış görüşmelerinde zorluk çıkaran Romalı elçileri, Demiryolu geçidinin hemen üzerinde yer alan mezara hapsetmiştir.

1075 te Amasya’yı fetheden Melik Ahmed Danişmend Gazi, mezarların içindeki Pontus devrinden kalma gömüleri kaldırtmış. Yine o dönemde, Hıristiyan keşişlerin bu mağaralarda inzivaya çekildikleri bilinmektedir.