İlçenin tarihi geçmişi Eskiçağ dönemine kadar gitmektedir. Ancak asil mimarı yapılaşması orta çağ döneminde bölgeye hakim olan Bağratlılar'ca gerçekleştirildiği görülmektedir. Hıristiyan Bağratlılar zamanından günümüze başta manastırlar olmak üzere bir çok kale ulaşmıştır. XVI. yüzyıldan sonra Osmanlı topraklarına dahil edilen ilçede bu kez Türk-İslam eserleri yapılmaya başlanmıştır. Osmanlı çağının en önemli yapılar camilerdir. Azda olsa sivil mimarı örneklerinden olan evlere rastlanmaktadır.

İlçenin ilk kuruluşu Erzurum sancağına bağlı 1879 yılında "Kiskim" (Bugünkü Alanbaşı Köyü) adı ile gerçekleştirilmiş, kaza merkezi bir müddet sonra Öğdem'e nakledilmiştir. 1894 yılında Ersis'e (Bugünkü Kılıçkaya Beldesi) getirilmiştir. 26 Haziran 1926 tarih ve 877 Sayılı Kanunla Öğdem'e nakledilerek Artvin'e bağlanmıştır.1933 yılında Artvin'in Kaza olmasıyla Yusufeli İlçesi tekrar Erzurum'a bağlanmıştır. 1936 yılında merkezi Artvin olmak üzere kurulan o günkü adı ile Çoruh Vilayetine bağlanmış ve neticede; 16 Şubat 1950 Tarih ve 3531 Sayılı Kanunla bugünkü yerine nakledilerek Yusufeli İlçe Merkezi haline getirilmiştir. İlçemiz bugünkü adını 1912 yılında Dahiliye Vekaletinin emri gereğince "Kiskim ve Keskin" isimleri karıştırıldığından Veliaht Yusuf İzzettin Efendi' nin ismine izafeten almıştır.