Arkeolojik, etnografik eserlerle sikkelerin sergilendiği müzemiz karma müzeler grubundadır. Yapı olarak 13. Yüzyılının ikinci yarısında bir Anadolu Selçuklu Dönemi eseridir. Açık avlulu, iki katlı, iki eyvanlıdır. Avlu, üç taraftan revaklarla çevrili olup, revaklar zemin katta devşirme sütunlar, üst katta dörtgen ayaklar taşımaktadır. Sütun başlıkları da devşirmedir. Doğu cephedeki taç kapı, yukarı ve dışa taşıntılıdır. Cephenin 1/3'ünü kaplamaktadır ki, döneminin tipik özelliğidir. Bitkisel ve geometrik kademeli bordürlerle çevrili taç kapının mukarnas kavsalası üzerinde iki yanda pencere yer almaktadır. Bu durumuyla Anadolu Selçuklu mimarisinde özel yere sahiptir. Kitabe yeri boş bırakılmıştır.

Avluya bakan cepheleri gök mavisi ve patlıcan moru renklerden oluşan geometrik, bitkisel ve yazı (hat) karakterli süslemeye sahiptir. Gökmedrese ismini de gök mavisi renkli çinilerden almaktadır. Tıp eğitiminin verildiği yapı Pervane Darüşşifası olarak da bilinmektedir. Anadolu Selçuklu ve Osmanlı dönemlerinde yapılış amacına uygun olarak yıllarca sağlık hizmetinde kullanılmıştır.

Alt (zemin) ve üst kattaki odalarda eserler kronolojik tasnif göz önüne alınarak teşhir edilmektedir. M.Ö. 3000 yılı Eski Tunç Çağı'ndan itibaren, Hitit, Frig, Hellenistik, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerinin eserleri sergilenmektedir. Kazı çalışmaları tamamlanan Maşat Höyük buluntuları ile Müze Müdürlüğü'nce yapılan kurtarma kazıları sonucu ele geçen eserler teşhirin ağırlıklı bölümünü oluşturmaktadır.

Girişin sağındaki İlk Tunç Çağı eserleri, takip eden odalarda Hitit; Frig (Demir Çağı) dönemi eserleri, kilise eşyaları sergilenmektedir. Müzenin bu bölümünün kubbeyle örtülü ve daha geniş tutulmuş mekanı olan son odasında ise Osmanlı dönemine ait Dini eserler ve yazı takımları teşhir edilmektedir.

Zemin kattaki tek kubbeli hamam, yapının dışına çıkma yapmaktadır. Kare planlı, dikdörtgen formlu taşlarla döşeli bu Türk Hamamı alttan ısıtılmaktadır. Burası küçük bir soğukluk-soyunmalık kısmına açılmaktadır. Yine bu bölümde ocaklı bir oturma odası-hamam odası bulunmaktadır.

Günlük işlerin yapıldığı, aynı zamanda mutfak olarak da kullanılan aşevi-işevi ile idare olarak kullanılan bölümde bu katta yer almaktadır.

Havubaşı odasının duvarları kalemişi panolar halinde çiçek motifleri ve İstanbul Manzarası tasvirleri ile bezelidir. Tavan yaldız boyalı bitkisel motifler ve ahşap oymalarla süslenmiştir. Hamam odasının kapısı, tavanı, yüklük ve dolap kapaklarında yine bitkisel motifli ahşap işçilik dikkati çekmektedir.Alçı işçiliğinin güzel örneklerini ocak davlumbazları ile tepe pencerelerinde görmek mümkündür. Paşa odasının ocak davlumbazındaki plastik akantus yaprakları batı etkisini, havuzbaşı odasındaki ocağın kabartma alçı üzerine boya ile yapılmış karanfil, lale gibi çiçek motifleri klasik üslubun özelliklerini yansıtmaktadır. Tepe pencerelerinde alçılı vitray görülmektedir ve bunlarda kullanılan "Mühr-ü Süleyman" Türk süsleme sanatında sevilen motiflerden biridir.

Latifoğlu Konağı geçmişteki fonksiyonlarına göre yörenin eşyası ile donatılmış mankenlerle canlı ve gerçekçi bir teşhir yapılarak 1989 yılında müze-ev olarak hizmete açılmıştır.

Tokat'ta Mevleviliğin gelişim süreci ilk olarak; Mevlana'nın müridi olan ve Selçuklu Hükümdarlarından IV. Kılıçaslan'nın  1260 yılında, Pervane unvanıyla görevlendirdiği Muine'd-din Süleyman'ın çalışmalarıyla tanındığını söyleyebiliriz. Yaygınlaşması ise; Sultan Veled kızı Şeref Hatun'un müritlerinden, Mevlevi halifesi Konya'lı Arife-i Hoş-likaa'nın çalışmaları, Tokat büyüklerinin de kendisine mürit olması sonucu gerçekleşir.

Mevlevihaneyi yapı olarak incelediğimizde, zemin katında beş oda yer almaktadır. Şeyhin kabul odası (baş oda)  dışındakiler çeşitli hizmetlerin görüldüğü mekânlardır.Mevlevihanenin ikinci katında bulunan semahane kısmına dışarıdan bir merdivenle çıkılır. Semahane girişi önünde ahşap direkli bir balkon bulunmaktadır. Üst kata hakim olacak derecede geniş tutulmuş olan semahane ahşap sütunlarla taşınan kubbe ile örtülüdür.

Güneyinde alçı malzemeli mihrap bulunur ve semahanenin girişi mihrabın tam karşısındaki girişten sağlanır. Girişin  sağında ve solunda sema ayinini izlemeye gelenler için ayrılmış kısımlar ile üst kısmında sazendelerin yer aldığı mahfil şeklinde mutrıbhane bulunmaktadır. Semahanenin doğu tarafında ara kat şeklinde kadınlar mahfili bulunmaktadır. Mevcut dekorasyon unsurları 19. yy özelliklerini yansıtmaktadır. Ancak 1656 yılında Tokat'a gelen EVLİYA ÇELEBİ ziyaret ettiği bu yapıdan geniş bir şekilde bahsetmektedir.

Ulu Önder Mustafa Kemal Atatürk’ün milli mücadele yılları, Kurtuluş Savaşı ve Cumhuriyetin Kuruluşu sırasında Tokat’a gelişinde kalmış olduğu, 971.91 m² arsa ve 2 katlı ev Kültür ve Turizm Bakanlığı'nca 2001 yılında kamulaştırılarak. Kültür ve Turizm Bakanlığı'nca Restorasyo tamamlanarak Atatürk'ün Tokat'a gelişinin 88. yıldönümünde Atatürk Evi ve Etnografya Müzesi olarak hizmete açılmıştır.